先回答，未成年人有可能在日本住宿。
首先在Agoda、Booking、http://Hotels.com都试了一下，预订酒店必须要有成年人（满18岁）。
又查了一下日本其他网站的说法，类似毕业旅行等未成年单独出行的合理需求，要咨询酒店/民宿，一般持有父母的同意书就可以入住。
最后查了一下法律，日本民法第5条可作为依据。大概意思是，未成年人的法律行为，需要监护人的同意，除非是仅权利而没有义务的行为。
（未成年者の法律行為）第五条未成年者が法律行為をするには、その法定代理人の同意を得なければならない。ただし、単に権利を得、又は義務を免れる法律行為については、この限りでない。２前項の規定に反する法律行為は、取り消すことができる。３第一項の規定にかかわらず、法定代理人が目的を定めて処分を許した財産は、その目的の範囲内において、未成年者が自由に処分することができる。目的を定めないで処分を許した財産を処分するときも、同様とする。在外住宿的契约/合同签订属于法律行为，受这一条限制。
所以，如果持有家长的同意书，而且已经跟酒店/民宿确认的话，是可以住的。
