生态旅游立法体系不健全
我国至今尚无一部国家级的针对生态旅游的专门性法规或法律。一些关于生态旅游的专门性文件主要是国家有关部门针对特殊保护区域的生态旅游规划的批复形成的规范性文件,仅对特定区域产生效力,并不具有普遍效力。除此之外,我国的《自然保护区条例》、《风景名胜区条例 》、《森林公园管理办法》和《森林法》、《草原法》、《野生动物保护法》等是根据生态旅游的载体分别立法, 关于生态旅游的法律规定也较为分散,没有对生态旅游进行系统规定的法律,也没有对各项法律规定进行协调的专门规定,在《环境保护法》以及各项单行法律中都没有引入“生态旅游”的概念。生态旅游法律制度体系的整体性、科学性、协调性就无法得到保障。
生态旅游法律制度偏重“生态”轻视“旅游”
法律条文中直接包含“生态旅游”的法律规范仅两件，分别为《湿地保护管理规定》和《国家级森林公园管理办法》。其他国家层面的法律规范中并无“生态旅游”的提法。地方立法中的生态旅游发展规划及景区的生态旅游保护条例等同样是以生态保护为重，“旅游”的元素依然很少。例如，鄂西北生态圈发展规划和秦岭北麓地区生态旅游发展规划中，其篇章编排均是以保护自然景观、保护生物多样性、保护矿产资源等为主体结构，对于旅游发展的内容仅以“旅游景区的环境保护”带过。从法律法规本身来看，涉及旅游发展的内容和篇幅数量较少，而关于自然资源保护、生态环境发展的内容较多。在仅有旅游发展制度中，相关规定也比较原则性，可操作性不强。
政府部门立法执法机制不完善
旅游区当地政府部分盲目地追求经济效益，忽略资源的长久循环利用，并没有对旅游资源的开发和保护做出足够的引导和支持。旅游产品的定制缺乏制度保障，使得资源过度浪费和保护断接，对旅游区环境产生不可恢复的破坏力。多数法规缺乏国家综合性法律的约束和引导，立法水平不齐，法规内容单一，调整范围有限。同时，由于这些法规、规章的制定者考虑本部门的利益较多，所制定的法规、规章缺乏与其他部门法律的协调，使得一些法律条文难以得到落实
法律监督制度存在缺陷
专门的监督部门并未建立，且未制定监督过程中具体的操作程序和实施细则，缺乏规范性章程，并不能实现对景区生态旅游资源进行有效保护的作用；在社会监督中，由于公益性团体、公共媒体、公众的监督缺乏强制性，而又没有合理的激励措施，社会监督并未发挥应有的作用。如根据《商洛地区行政公署关于鼓励投资开发旅游业的若干规定》，对生态旅游资源的开发不仅可以由当地政府进行还可以由各类企业、社会团体及自然人投资开发，并为这些投资者提供鼓励措施，但并未出台对投资者的监督管理办法，并未设立专门执法机构、建立专业的执法队伍，致使一些开发者在获得权限以后对生态旅游资源进行“掠夺式”开发。这些行为很多得不到及时的监管、纠正和处罚，致使景区居民的生产生活环境、生态旅游资源都遭到了严重破坏。
群众参与不足
人民群众是景区旅游资源的使用者，其生活与旅游资源的开发、规划和经营密切相关。只有让景区居民完全自觉地参与到旅游资源的开发和保护中来，才能建立生态旅游资源的长效保护机制。目前多数地区群众对生态旅游资源的参与还是最简单的方式，比如家庭接待、出售纪念品等活动。这并不完全符合生态旅游的思想，生态旅游要求社区居民自觉参与，成为生态旅游发展的支持者，不断充实专业知识、提高专业素养。目前该地区社会参与制度缺乏政府制定相应的法律法规和具体的实施细则，并进行科学的、统一的规划和管理
