南京3号地铁站的站点有林场站、星火路站、东大成贤学院站、泰冯路站、天润城站、柳洲东路站、上元门站、五塘广场站、小市站、南京站以及南京林业大学新庄站，还有鸡鸣寺站、浮桥站、大行宫站、常府街站、夫子庙站、武定门站、雨花门站、卡子门站、大明路站、明发广场站、南京南站、宏运大道站、胜太西路站、天元西路站、九龙湖站、诚信大道站、东大九龙湖校区站、秣周东路站。
南京的3号地铁是南京所开通的第6条现在正在运行的地铁线路，这条线路的标志颜色是薄荷绿色。该线路途经浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区以及江宁区。线路北边是从江北新区的林场站发出，穿越了南京的主城区，一路向南，最终到达秣周东路站。
整个的南京3号地铁全长有44.9千米，其中包含了地下线路42.5千米，高架线路是有2.4千米。沿途一共设置了29座车站，其中28座车站是属于地下形式的，还有一座则是属于高架车站。
南京地铁3号线使用的是大小交路混跑的模式。其中大交路是从林场站出发一直到秣周东路站，单次的运营时间大概是有72分钟。而小交路则是从林场站到胜太西路站，单次运营的时间大概是有57分钟。
