作为土生土长的惠州火车迷，就这问题仔细回答个人见解。
1、最重要的，是省里到市里都对广惠和深惠的铁路一直没兴趣，所以一条正儿八经能服务惠城市民的广惠城际铁路并不存在。即便是正在建设的佛莞惠城轨和广汕高铁，它们在惠州或广州的市辖区站点也不方便。因为它们都不是纯正的广惠城际轨道交通。国家方面，更是不怎么照顾惠州用铁路直通广深腹地，由此引发了下面的一系列问题。
2、厦深铁路。厦深铁路是国家沿海铁路的一部分，本身就是紧贴海岸线城镇建设的。惠城区距离海岸有五十公里，沿海县区分别是惠阳区和惠东县，而厦深铁路正好是从这两个县区笔直穿过，所以惠州南站和惠东站的设置本就和市区没啥关系。简单的理解就是:厦深铁路本来就不经过惠州城区，所以就没惠城区的站了。改革开放以前，惠阳区就是深莞惠三城的城区中心，且人口众多、历史悠久又一直没客运铁路。因此，惠州南站离现在的惠城区远很正常。另外，惠州南站在车站命名上是有特殊性。从地理上看，它应该叫“惠阳站”，但惠州方面担心它以后可能被深圳城市版图扩张吞并，所以索性将站名改为“惠州南”，以此确立惠阳区归属。
3、广汕高铁。广汕高铁在惠城区的两个火车站分别是惠州北站（和赣深高铁共用）和惠城南站，它们一北一南都在惠城区的边缘镇上。很明显，这个不是线路问题，而是有意要搞新城开发和城市扩张。事实上这有一定的合理性。惠州城区中心到广州的距离本来就比较远，即便火车站在市区也未必能节约多少时间，毕竟距离摆在那。而且惠城区已有京九铁路和广莞惠城际铁路从市内直接对接广州天河与广州番禺，并且莞惠城轨未来还会从市中心延伸到惠州北站，相当于高速地铁。对惠州江北的人来说，惠州北站肯定谈不上远，对江南的人来说，莞惠城轨基本解决去广州的问题了，虽然速度还是不够理想，但也不至于太糟。另外，广汕高铁的定位是厦深铁路联络线，主要跑跨线长途列车，对惠州非特别照顾，所以站点较偏远。
3、赣深高铁。其实可以理解为京九铁路客运专线。这条铁路和既有京九铁路相类似，特别照顾深圳和东莞（没办法，人家城市整体实力逼格高啊）。加上广州东莞和深圳都在惠州西侧，而惠州城区整体位置偏东，所以通往广州和深圳的铁路为了尽可能拉直，就没办法太照顾惠城区了，也就出现了赣深高铁的仲恺站特偏远问题。
4、京九线电气化改造后没开行动车组列车，惠州到广州时间居然比以前内燃机车时代还慢了几分钟！另外，莞惠城轨没有接驳广深铁路，市区的动车组开不到广深线，去不了天河。相比，厦深铁路接驳广深线，现在从惠州南站到广州天河不到90分钟，比惠州站到广州天河还快了十多分钟！另外，莞惠城轨在仲恺站也没有和赣深高铁对接。简单说，就是接驳问题。只要莞惠城轨和广深铁路、赣深铁路接驳，那么从惠州市区坐城际列车到广州深圳的中心就真的很快捷了。
5、惠州地形和城市格局不利于铁路进城。惠城区中心的北面被东江横穿，西面和南面群山环绕，城市主干道（特别国道）的走向又弯弯曲曲，因此所有高级的公路铁路不是沿着山走就是远离山脉或绕城而过。考虑到高速铁路的笔直度要求很高，惠城区中心也就围着西湖和西枝江与东江汇入口的不大版图，将高铁线拉进来的确会破坏城市格局且拆迁矛盾也会比较重。惠州西站距离市中心比较近，但由于深入山谷、远离主干道、实际出行不便，最终还是被距离更远的惠州站取代，现在惠州西站没客车停靠了。
6、至于汽车比较，这没可比性，广州到深圳的高速列车全程用时没汽车快。我自驾从番禺到东莞东城只用了不到2小时。我从广州南站或广州东站坐动车组列车（含高速动车组）到东莞转地铁再到寮步，足足花了3小时以上。大巴车不塞车也只要2小时。楼主要知道的一点是:150公里内，基本上是汽车最快，高铁出行也比不过汽车，除非你的出发地和目的地都离高铁站很近。
